ثم اندلعت الحرب العالمية الثانية واستولى الألمان على بولندا و الدنمارك و هولندا و النرويج، وفي أوائل 1940 انطلقوا غرباً فاخترقوا خط ماجينو وهددوا بالتطويق أكثر من 800 ألف جندي فرنسي وبريطاني، وكان ديجول قد عين منذ 1940 قائداً للفرقة الرابعة المدرعة وفرقة مدفعية وفرقة فرسان، فهاجم الألمان بعنف محاولاً عرقلة زحفهم وتطويق مؤخراتهم، ولكن قوة المدفعية والطيران الألماني أفشلت الهجوم، مما جعل الجنرال ويگان Weygand القائد العام للجيوش الفرنسية، يفكر في طلب الهدنة، وكان الماريشال بيتان وزير الدفاع وكبار الضباط يؤيدونه في ذلك على الرغم من معارضة ديجول, الذي غادر فرنسا في 17/6/1940 بالطائره إلى لندن، وأعلن من هناك متابعة «فرنسا الحرة» للحرب ضد الألمان من خارج الأراضي الفرنسية التي استسلمت لألمانيا، وقد أُلفت في فرنسا هيئة عسكرية حكمت على ديجول بالإعدام، ولكنه لم يعبأ بذلك بل شرع في تشكيل جيش فرنسي، وقد أمدته بريطانيا بكل مساعدة ممكنة وعدّت الجنرال ديجول القائد العام لقوات فرنسا الحرة.

وجه ديجول أول اهتماماته إلى المستعمرات الفرنسية في إفريقيا، وفي 26/8/1940 انضمت تشاد إلى فرنسا الحرة، ثم الكاميرون، وتبعتها برازافيل، وبعد انضمام الغابون  فتحت أمام ديجول مجالات إفريقيا الواسعة، على الرغم من إخفاقه في ضم داكارعلى الأطلسي غربي إفريقيا، ثم عاد إلى لندن حيث سعى لإنشاء منظمة في قلب فرنسا لمقاومة الألمان، وتأسيس وكالة أنباء فرنسية وإصدار مجلة باسم فرنسا الحرة وجريدة سميت فرنسا.

ومد ديجول بصره الى سوريا ولبنان ,وكانت السلطات الفرنسيه فيهما تدين بالولاء لحكومه فيشى ( مقر الحكومه الفرنسيه بعد استسلام فرنسا), وكان يقدر ان المحور اذا ربح الحرب فسيستولى على هاتين البلدين , واذا خسر فيسقعان تحت السيطره البريطانيه , فكتب الى حكومه فيشى طالبا ضم القوات الفرنسيه فيهما الى فرنسا الحره ,فرفض الجنرال ويغان الطلب , ونادى بتنفيذ حكم الاعدام بديجول ,ونجم عن المباحثات الفرنسيه الالمانيه السماح للطائرات الالمانيه باستعمال القاعدتين الجويتين فى دمشق وحلب ,وبعد قيام ثوره رشيد عالى الكيلانى بالعراق ,واتخذت ترتيبات دعمها بالمعدات والاليات عبر الحدود السوريه .فاتفقت اراده ديجول وبريطانيا على اجتياح سوريه ولبنان ,وفى 8/6/1941 اجتازت قوات بريطانيا وفرنسا الحره الحدود السوريه واللبنانيه ,تحت قياده بريطانيه ,وتراجعت امامها قوات حكومه فيشى بسبب استحاله نجدتها من فرنسا ,وفى 21/6/1941 دخلت قوات الحلفاء دمشق ,وبعد مفاوضات مضنيه تم الاتفاق بين بريطانيا وحكومه فيشى على ايقاف اظلاق النار والسماح لمن شاء من الفرنسيين بالابحار الى حيث يريد ..

أما في الشرق الأقصى فقد اصطدم ديجول بالتصرفات الأمريكية، وقال في مذكراته أن الرئيس فرانكلين روزفلت يريد «أن تكون كلمته قانوناً على العالم»؛ ومع أن الرئيس الأمريكي أعلن في 11/11/1944 قبول فرنسا الحرة في قائمة الدول المشمولة بقانون الإعارة والتأجير، فقد استولت القوات الأمريكية على جميع بواخر فرنسا الحرة الموجودة في الموانئ الأمريكية، ومع ذلك وافق ديجول على وضع المستعمرات الفرنسية في جنوبي شرقي آسيا تحت تصرف الحلفاء «شريطة أن يحترموا السيادة الفرنسية عليها».

وفي ربيع عام  1942 استبدل اسم «فرنسا الحرة» بتعبير فرنسا المحاربة، أو المقاتلة» 

تفرغ ديجول بعد ذلك إلى تشجيع المقاومة داخل فرنسا ومدها بالسلاح وإعداد الجيوش الفرنسية لتشترك في الإنزال الذي كان يحضر له في فرنسا وإنجلترا، وقد بدأت المقاومة تضرب تجمعات القوات الألمانية المحتلة، ووجه ديجول رسالة إذاعية جاء فيها «أن من حق الفرنسيين الطبيعي قتل الألمان»، وأنشئ مجلس في فرنسا ضم جميع زعماء المقاومة في جنوبي فرنسا، الذين أكدوا انضواءهم تحت لواء ديجول ، وكانوا يمدون الحلفاء بمعلومات دقيقة عن المنشآت العسكرية الألمانية على شواطئ الأطلسي وقواعد الغواصات، وقد تضخمت قوات المقاومة بتشجيع ديجول واشتركت في القتال إلى جانب الحلفاء الذين نزلوا في فرنسا في

6/6/1944,كما خاضت المقاومه ضد الالمان معركه مريره فى باريس بتاريخ 19/8/1944, فسارعت الفرقة المدرعة الفرنسية الثانية بقيادة الجنرال لوكلير (التي كانت تحت إمرة ديگول ) إلى مساعدتها